プロテスタントの教義は派によって異なり多様な展開をみせている。以下ではそれを対照表によって示す。
理解を助けるため、プロテスタント以外の教派からカトリックと正教会（文中では「正教会」）、またプロテスタントを自称しない聖公会にも言及する。
基本教理
三位一体論（父、子、聖霊からなる3位格にして唯一の神という教理）
聖書論（唯一絶対の神に霊感されて人間が書いたという教理）
天国論（イエス・キリストと天国において永遠に住むと言う終末論などの教理）
創造論（前1000年説と後1000年説を信じるとする教理）
信じる主な教派
長老派、メソジスト、ホーリネス、セブンスデーアドベンチスト、ルター派、神の聖会、モリビアン教、ナゼレ派、フレンド派、バプテスト派、救世軍、メノナイト、アメリカ独立正統教会、聖公会
上を含むなどの1187のプロテスタント系教派
信じない主な教派（上記教理のうち一部のみの否定も含む）これらの教団は、他の伝統的な教派からはキリスト教の条件から外れているとみなされており、プロテスタントに由来するキリスト教系の新宗教と呼ぶのが適切かもしれない。（中には、キリスト教の範疇にすら入らない異教と呼ばれるものもある。）
エホバの証人、モルモン教、クリスチャンサイエンス、統一教会、ユダヤ＝キリスト教、ブラハム教、神の子女、聖書理解教、リリージャスサイエンス、万国の勝利教会、ウェイインターナショナル
等
十戒の解釈の差
出エジプト20：1-17を区分し一般教会において使う
長老派、メソディスト、パブティスト、セブンスデーアドベンチスト、救世軍、神の聖会、キリスト教会、聖公会、正教会
十戒うち第2項目を削除し、第10項目を2つに分けた宗派（ルター派以外のプロテスタント諸派ではそう理解されている）
カトリック、ルター派
洗礼、バプテスマの解釈
全身浸礼を行う教派
バプテスト、セブンスデーアドベンチスト、ペンテコステ派、純福音派、キリストの教会、神の聖会、メソディスト、正教会、ブレザレン
灌礼も滴礼も行う教派
カトリック、ルター派、長老派、聖公会、ホーリネス、一部のメソディスト
洗礼式を行なわない教派
救世軍（誓約書に記入し信仰告白を行なう「入隊式」で代替する）、無教会、クエーカー（面接で代替）
土曜日の安息日を主張する教派
：セブンスデー・バプティスト派、セブンスデー・アドベンチスト派、など他191教団
地獄不在説を主張する宗派
セブンスデーアドベンチスト
カルヴァン主義（予定論）とアルミニウス主義（自由な恵みを主張）
一時期自分は救われる計画が予定されていた人間であったかどうかが、個人の自殺までに追い込んだ深刻な事態がイギリスで起こったが、これは予定論の誤解によって起こった問題である。カルヴァン主義の予定論は、神が予定しなかった者は誰もキリストへの信仰を持つことができないと主張する。対してアルミニウス主義は、人がキリストを信じることは人の自由意志に委ねられており、神の予定によるのではないと主張する（しかし神は予知によって誰が信仰を持つかを知っているとする）。両者の相違は、人がキリストへの信仰を持つ根拠を巡るものであるが、信じることだけにおいて救われる（信仰のみ「sola fide」）という点では基本的に両者は一致している。今日、各教団においてこの思想が2つに分かれている。
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